Die Hauptaufgabe des IQSH ist es, im Auftrag des Bildungsministeriums Schleswig-Holstein, Dienstleistungen für alle an Schule Tätigen und alle für Schule Verantwortlichen in Schleswig-Holstein zu erbringen. Die Leistungsangebote des Instituts umfassen Beratung, Qualifizierung sowie vielfältige Unterstützungsangebote in den Bereichen „Schulentwicklung“, „Qualifizierung und Lehrerbildung“ sowie „IT-Dienste“.