മലബാറിലെ ആദ്യത്തെ രാമകൃഷ്ണ മഠമാണ് കൊയിലാണ്ടി മഠം. ശ്രീരാമകൃഷ്ണന്റെ ശിഷ്യനായ സ്വാമി നിർമ്മലാനന്ദയാണ് ഇൗ ആശ്രമം സ്ഥാപിച്ചിരിക്കുന്നത്.1909 മുതൽ കൊയിലാണ്ടിയിൽ ഒരു യോഗി മഠം ഉണ്ടായിരുന്നു. അവിടെയുള്ള സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രത്തിലെ ഭരണാധികാരികളും ഒരു ശ്രീ കെ പി കൃഷ്ണൻ നായരും യോഗി മഠം ഏറ്റെടുത്ത് അവിടെ ഒരു രാമകൃഷ്ണ മഠം ആരംഭിക്കാൻ സ്വാമി നിർമ്മലാനന്ദയോട് അഭ്യർത്ഥിച്ചു. അതനുസരിച്ച് 1914 ഏപ്രിൽ 9 ന് സ്വാമി യോഗി മഠവും ക്ഷേത്രവും ഏറ്റെടുത്തു.1915 മാർച്ച് 30 ന് സ്വാമി അവിടെ ഒരു ശ്രീരാമകൃഷ്ണ ക്ഷേത്രം സമർപ്പിച്ചു.1924 ൽ നടത്തിയ പ്രളയ ദുരിതാശ്വാസ ക്യാമ്പിന്റെ പ്രധാന കേന്ദ്രമായിരുന്നു മഠം. അക്കാലത്ത് സ്വാമി ശേഖരാനന്ദ കോഴിക്കോട് ദുരിതാശ്വാസ പ്രവർത്തനങ്ങൾക്കായി ഒരു താൽക്കാലിക കേന്ദ്രം തുറന്നിരുന്നു, പിന്നീട് ഇത് രാമകൃഷ്ണ മിഷൻ സേവാശ്രമമായി വികസിച്ചു. പിന്നീട് കൊയിലാണ്ടി മഠം കോഴിക്കോട് രാമകൃഷ്ണ സേവശ്രാമത്തിന്റെ ഉപകേന്ദ്രമായി മാറി. കൊയിലാണ്ടി ആശ്രമത്തിന്റെ ഇപ്പോഴത്തെ ക്ഷേത്രം 1987 ജനുവരി ഒന്നിന് സ്വാമി സിദ്ധിനാഥാനന്ദ ഉദ്ഘാടനം ചെയ്തു.1986 മുതൽ ഇൗ കേന്ദ്രം ബേലൂർ മഠത്തിന്റെ കീഴിൽ ഒരു സ്വതന്ത്ര കേന്ദ്രമായി മാറി.