Jun Märkl is 'n Duitse dirigent.
Hy is die seun van 'n Japannese pianiste-moeder en 'n Duitse violis-vader. Märkl het as kind die klavier en die viool gestudeer. Hy het in 1978 voortgegaan met sy klavier- en vioolstudies by die Musikhochschule Hannover. Hy het later die Universiteit van Michigan bygewoon waar Gustav Meier een van sy mentors was. Hy was ook 'n leerling van Sergiu Celibidache. Later het hy 'n dirigent-toegif gewen om aan Tanglewood deel te neem, waar hy onder leiding van Leonard Bernstein en Seiji Ozawa gestaan het.
Märkl was vanaf 1991 tot 1994 die musiekdirekteur van die Saarländisches Staatstheater in Saarbrücken. Hy was vanaf 1994 tot 2000 Generalmusikdirector en regisseur van opera by die Nationaltheater Mannheim. In die Verenigde State het hy sy buiging by die Metropolitan Opera in Februarie 1999 gemaak met die dirigeer van Il trovatore, en in Desember 2000 teruggekeer met Turandot.
In 2005 het Märkl musiekdirekteur van die Orchester National de Lyon geword. Hy het saam met die ONL verskeie opnames vir Naxos gemaak, insluitende musiek van Claude Debussy, Maurice Ravel, en Olivier Messiaen. Märkl het sy ONL-termyn in 2011 afgesluit.