На гербе символика столичного портового города. Якорь - это флот. Речной якорь - символизирует Неву, морской - выход к Балтийскому морю. Перевернутый якорь в геральдике - флот не знавший поражений. Есть версия, что прообразом герба Петербурга послужил герб Ватикана, тоже города Святого Петра, на котором под папской тиарой расположены скрещенные ключи от Рима и рая. Историк и философ Борис Успенский писал "Якорь метонимически означает флот - помещенный на место ключей апостола Петра, он знаменует то, чем Петр (император, не апостол) намерен отворить дверь своего "парадиза"
Кроме толкования, что лапы вверх означали "флот не имел поражений", есть ещё одно толкование: Обычное положение перекрещенных якорей (лапами вниз) - означает простой крест (на котором был распят Иисус), а на перевернутом кресте (наш герб лапами вверх) был распят апостол Петр, в честь которого и назван город. Хотя наш любимый апостол Андрей Первозванный, брат апостола Петра, также был распят на косом кресте (перевернутом или просто иной формы?) вниз головой. Так что вполне возможно наши якоря отсылают к этим событиям...