Лектор: Михаил Колмогоров (University of California San Diego)
Проблема сборки генома тесно связана с задачей характеризации всех семейств повторов в этом в геноме. Однако, большинство популярных сборщиков длиннных ридов используют альтернативные OLC-графы, которые не идентифицируют повторы в явном виде. Мы поговорим о Flye - алгоритме для построения графа сборки (повторов) из длинных и шумных ридов. Flye первоначально собирает черновые контиги (с возможными ошибками), объединяет их в корректный граф сборки и разрешает повторы на нем. Тестируемый алгоритм показывает сравнимые или улучшенные результаты на различных наборах данных, по сравнению с другими популярными сборщиками.
20 авг 2024
