ファンタジーゾーン（NEO CLASSIC版 連なしノーミスクリア） 

隠しコマンドが公式サイトにありますよ！ （以下抜粋） 「ファンタジーゾーン　ネオクラシック」出現方法 CLASSIC GAMESでFANTASY ZONEを選択し、SYSTEM MENUの一番上にある「MACHINE」で方向キーの右を押し続けるとSEが鳴り、「SEGA MARKIII」よりさらに右に移動できるようになる。そこで右をもう一度押すと「NEO CLASSIC」が選択できるようになっているのでメニューを閉じればOK。

Alianger This is based on the famicom version and uses the NES sound chip.

Yes it's similar but surely they used one of the audio expansions like VRC6 or such.

Alianger nope

And your source is?

The VRC6/7/Whatever was only used in Konami games. It's probably a remix of the Famicom music made for that specific version, which was made for the ps2.