En Granada buscó refugio en casa de la familia de su amigo el poeta Luis Rosales, donde se sentía más seguro ya que dos de sus hermanos, en los que confiaba, eran destacados falangistas de Granada. A pesar de ello, el 16 de agosto de 1936, se presentó allí la Guardia Civil para detenerlo. Acompañaban a los guardias Juan Luis Trescastro Medina, Luis García-Alix Fernández y Ramón Ruiz Alonso, exdiputado de la CEDA, que había denunciado a Lorca ante el gobernador civil de Granada José Valdés Guzmán. Valdés consultó con Queipo de Llano lo que debía hacer, a lo que este le respondió: «Dale café, mucho café». Según el historiador Ian Gibson, se acusaba al poeta de «ser espía de los rusos, estar en contacto con éstos por radio, haber sido secretario de Fernando de los Ríos y ser homosexual». Fue trasladado al Gobierno Civil, y luego al pueblo de Víznar donde pasó su última noche en una cárcel improvisada, junto a otros detenidos. Murió fusilado tras el golpe de Estado que dio origen a la Guerra Civil Española un mes después de iniciada.
No lo asesinan por política ni por homosexual. Lo asesinan por rencillas familiares causadas por la remolacha azucarera con la que hizo una gran fortuna su padre
Si me encuentras por ahí,cáballero. No apartes tu mirada de mis ojos. No me des la espalda,que me quiebro, Y apuñalan mi alma los sollosos. Si me encuetras por ahí, en una avenida. No consumas esto último que aún guardo. date un tiempo a consolar mi fe perdida, No me hagas el camino triste y arduo. Si me encuentras, y hasta entonces ,aún te quiero. No acorrales con desden mis esperanzas. Más bien llevame a un café, Y en mi sosiego, Calma en un beso profundo, tantas ansias.
Su asesinato es deplorable, pero decir que no tenia afiliación u orientación política es una falsedad. Pudo irse a Mejico y prefirió ir a Granada sabiendo el peligro.