Cara Preparasi Protein, Preparasi Ligan & re-Docking Celecoxib ke COX-2 dengan MOE 2019 & DSV 2021 

Cara Preparasi Protein, Preparasi Ligan & re-Docking Celecoxib ke COX-2 dengan MOE 2019 & DSV 2021
Pada video tutorial kali ini, Ihsani Channel bekerja sama dengan Laboratorium Komputasi Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi Riau Pekanbaru akan mencoba berbagai Tips untuk Peneliti Pemula yang tertarik dengan bidang Kimia Komputasi dengan melakukan metode uji in silico untuk pengembangan senyawa obat, yaitu Studi molecular Docking terhadap Enzim Siklooksigenase-2 (COX-2).
Aplikasi yang digunakan dalam video ini:
1. Discovery Studio Visualizer (DSV) 2021, yang bisa diunduh secara gratis melalui situs berikut: discover.3ds.c...
2. ChemDras Pro 2015, yang merupakan aplikasi berbayar, namun versi Free Trial dapat diunduh melalui situs berikut: perkinelmer-ch...
3. Molecular Operating Environment (MOE) 2019, yang merupakan aplikasi berbayar yang lisensinya telah dibeli oleh Laboratorium Komputasi STIFAR Riau. Untuk versi Free Trial nya dapat diunduh melalui situs berikut: www.chemcomp.c...
4. Paint, aplikasi ini tersedia pada Microsoft Windows
5. Microrosft Word atau WPS, aplikasi ini juga tersedia di Komputer/Laptop.
Adapun langkah-langkah yang didemonstrasikan pada tutorial kali ini adalah:
1. Mendownload Struktur Kirstal COX-2 (PDB ID: 3LN1) di rcsb.org
2. Preparasi Protein 3LN1 dengan DSV 2021 (menghilangkan Chain B, C, dan D, menghilangkan molekul oligosakarida E, F, G, dan H, menghilangkan molekul air, menghilangkan ligan-ligan yang menempel pada struktur kristal 3LN1, kecuali ligan celecoxib)
3. Preparasi Protein 3LN1 dengan MOE 2019 (menghilangkan ligan celecoxib, mengatur jenis forcefield, fix hydrogen and fix charge, mensetting coordinate x,y,z pada wall restraint, melakukan preparasi protein dengan menu QuickPrep pada MOE 2019)
4. Preparasi Ligan Celecoxib dengan Aplikasi ChemDraw Pro 2015 (Menggambarkan Struktur Ligan)
5. Preparasi Ligan dengan MOE 2019 (Optimalisasi Struktur Ligan dan Membuat Database Ligan)
6. Menemukan Sisi Aktif 3LN1 menggunakan menu Site Finder pada MOE 2019
7. Docking Celecoxib ke enzim Siklooksigenase-2 (COX-2)
8. Validasi dan Visualisasi hasil re-docking celecoxib ke 3LN1 (Membandingkan Pose Pengikatan Celexocib hasil Re-docking dengan Pose Pengikatan Celecoxib pada Struktur Kristal 3LN1 (Co-crystal ligand), Nilai Binding Free Energy, Nilai RMSD, Superimposisi co-crystal ligand dan re-docked ligand)
Support Us to sharing more tutorials about Science and Computer
Salam,
Official Ihsani Channel
#docking #dockingtutorial #moleculardocking #moe #dockingwithmoe #computationalchemistry #celecoxib #cox-2 #anti-inflammatory #ihsanichannel #ihsanikhtiarudin #dsv #discoverystudiovisualizer #preparasiligand #preparasiprotein #menentukansisiaktif #sitefinder #visualisasihasildocking