Como desenhar primers: do zero à PCR

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CORREÇÃO: a diluição de trabalho (1:10) deve ser 10 uL do primer (estoque) em 90 uL de água e não 10 em 100 como o cabeção aqui falou.
Aula PRÁTICA sobre como desenhar primers. Tudo o que você precisa saber sobre como desenhar primers para fazer PCR.
Nessa aula você vai aprender:
- Conceitos fundamentais
- O que é PCR
- O que são primers
- O que temperatura de melting (Tm)
- O que é temperatura de anelamento (Ta)
- O que são estruturas secundárias (dímeros e hairpin)
- Encontrar sua sequência alvo (RefSeq - NCBI)
- Desenhar primers (Primer3Plus)
- Validar seus primers (BLAST e NetPrimer
- Como fazer o pedido dos primers
- Como diluir
- Como validá-los na bancada
Links úteis:
Encontrar a sequência alvo - RefSeq: www.ncbi.nlm.n...
RefSeq Accession numbers: www.ncbi.nlm.n...
Desenhar primers - Primer3Plus: primer3plus.co...
Encontrar regiões conservadas - Clustal Omega: www.ebi.ac.uk/...
Verificar as estruturas secundárias - Net Primer: www.premierbios...
Encontrar as junções exon-exon (mRNA) - Ensembl: www.ensembl.or...
🧬 Clube do DNA:
Aprenda biologia molecular de forma leve e com qualidade. Assine agora e tenha acesso ao que há de melhor sobre biologia molecular por apenas R$24,90 ao mês.
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Você também encontra o Universo da Biologia Molecular aqui:
RU-vid: / @universodabiomol
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18 сен 2024

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Комментарии : 123

@joaquimxavier4668 4 года назад

Aula espetacular. Tirou todas as dúvidas que estava tendo, me dando autonomia e segurança para desenhar meus primers. Muito obrigado!!!

@UniversodaBioMol 4 года назад

Que bom Joaquim. Estamos aqui pra isso!!! Boa sorte na sua jornada.

@anapaulaguimaraes9654 Год назад

Como definir a escala?

@juliamesquita4947 4 года назад

Estou finalizando meu mestrado em genética e sempre senti falta de conteúdo de qualidade e completo como o seu ainda mais em português. Obrigada por disponibilizar seu tempo pra divulgar esse tipo de conhecimento, seu conteúdo é incrível!

@UniversodaBioMol 4 года назад

Muito obrigado, Júlia. E que venha o doutorado. Estamos aí!! Boa sorte.

@juliamesquita4947 4 года назад

@@UniversodaBioMol você poderia me tirar uma dúvida? no meu caso estou desenhando primers degenerados e tentei fazer pelo método que você fez de alinhar várias sequências, porém meu alinhamento não deu nenhuma região grande o suficiente conservada como no exemplo que você deu no vídeo. O primer3plus reconhece as bases degeneradas (Y, K, S, B, etc) ou existe algum outro programa que reconheça para conseguir desenhar com essas regiões?

@UniversodaBioMol 4 года назад

@@juliamesquita4947 Tenta usar o HYDEN (acgt.cs.tau.ac.il/hyden/HYDEN.htm) ou o PrimerBlast (www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/). Depois me conta se conseguiu

@UniversodaBioMol 4 года назад

@@juliamesquita4947 Também achei essa daqui: bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/genefisher2. Na aba submission, vc pode utilizar tanto a sequência de DNA como a sequência de aminoácidos. Nesse último caso, a ferramenta vai tipo um processo inverso de tradução. Em ambos os casos, tente usar a sequência mais conservada que tiver

@juliamesquita4947 4 года назад

@@UniversodaBioMol oiii! Obrigada pelas dicas! testei todos mas não consegui muito resultado, dei uma pesquisada mais afundo e acabei achando o PRIMACLADE que me ajudou bastante, ele aceita como entrada o arquivo do alinhamento e não precisa ser uma sequência só, além disso ele executa interativamente com o primer3. www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15539448 aqui tem um artigo que explica direitinho como ele funciona, caso você tenha interesse. De qualquer forma muito obrigada pela disposição em ajudar, me ajudou independentemente! Abraços!

@jennifermedrades7257 3 года назад

Nem no meu mestrado tive uma aula tão sensacional. Muito obrigada!!!!

@TheAllice 2 месяца назад

Muito obrigada!!! Ótima aula, esclareceu todas as minhas dúvidas. Muito obrigada pelo conteúdo gratuito de de qualidade

@eliveltonalves4726 3 месяца назад

Excelente aula, parabéns pelo canal e pelo ótimo trabalho! 🧬🔬

@_anaroma 3 месяца назад

Muito obrigada pelo conteúdo gratuito 😊 tem me ajudado muito no estágio de bio mol

@_anaroma 2 месяца назад

Obrigada pela aulaa ❤ estou amando os videos, assinei o curso de tao bom que foi as aulas do yt

@juliopereira8740 3 года назад

Incrível, nunca fiquei tão feliz com uma vídeo aula de 2 horas! Tirei minhas dúvidas!!!

@marianaleite9566 2 года назад

Impressionada com a qualidade dessa aula. Incrível mesmo.

@UniversodaBioMol 2 года назад

Muito obrigado 😃

@MarceloSMota-vi8zd 11 месяцев назад

Aula Top! Obrigado Eduardo!

@nayannadiasbierhals5251 3 года назад

Excelente aula, muito didática! Respondeu a várias dúvidas que tinha em relação aos parâmetros a serem observados na hora do desenho que nem cursos pagos comentam!! Obrigada por disponibilizar esse conteúdo e de forma gratuita ainda! Só amor por esse canal

@shirleymatalhana9465 4 года назад

Aula maravilhosa, primeira vez que acho este conteúdo de forma tão didática no youtube, parabéns

@UniversodaBioMol 4 года назад

Obrigado, Shirley.

@renatafalchetedoprado1135 7 месяцев назад

Excelente aula. Obrigada!!!

@arinicecosta20 3 года назад

isso n é uma aula é um espetáculo.

@silviagonzalezmonteiro 3 года назад

Essa aula é maravilhosa Eduardo. Parabéns! Me ajudou muito.

@jessicaandrade2094 2 года назад

Você poderia escrever um livro que fala tudo sobre PCR e tempo Real. Seria sensacional e salvariam vários estudantes kkk No entento, agradeço imensamente este canal. Está de parabéns!!

@rfcar 4 года назад

Mais uma aula excelente! Pouco a pouco estou assistindo a todas.

@cienciacomleticia5233 4 месяца назад

Aula impecável, muito obrigada!!

@dirceribeirodeoliveira3961 Год назад

Vc é muito bom Eduardo, Obrigada!!!!

@helozinhagaymer 2 года назад

Oi professor, estou na graduação ainda e precisava muito de um aula assim pra me ajudar no meu TCC. Muito obrigada pela explicação incrível e detalhada!!

@anakaroline4650 Год назад

Excelentíssima aula!!! Gratidão!

@giuliampagotto4446 11 месяцев назад

Aula impecável!! Valeu demais por disponibilizar este conteúdo por aqui!

@driribeiro6390 4 года назад

Muitissimo obrigada por essa aula! Vou até fazer download dela caso um dia venha aqui e nao ache kkk. Valeu mesmo! Aula completa e bem explicada!

@raulalexandergonzalescordo9496 4 года назад

Muito obrigado por essa aula! Foi uma aula bem didática, bem prática e entendível. Realmente muitas dúvidas foram esclarecidas. Super recomendo este vídeo e os outros. Obrigado pela sua dedicação.

@UniversodaBioMol 4 года назад

Obrigado vc, Raul!!

@rosanneribeiro6256 2 года назад

Aula incrível! Obrigada, professor! Super didático. Ajudou demaaaais.

@yagotomaz8353 2 года назад

Que aula! Melhor aula que já assisti sobre o assunto.

@prof.wilsonbraz9696 Год назад

Fantástica aula!!! Gratidão!!!

@danielyuri1487 2 года назад

Excelente, nada a falar, só a agradecer!

@estelitaraqueldeo.almeida5373 3 года назад

Parabéns por sua aula, excelente didática e explicação esclarecedora!!!

@motivacao100 2 года назад

Excelente! Parabéns.

@mariagabrielapaz7439 3 года назад

Conteúdo muito bom e raro!! Muito obrigada

@prof.aelisabete5076 2 месяца назад

❤❤❤❤❤❤

@wmw1995 4 года назад

Muito bom.

@UniversodaBioMol 4 года назад

Obrigado, Wallison

@vandrianealves6510 3 года назад

Que aula maravilhosa, que canal maravilhoso, professor! Estava super precisando a desenhar primers e encontrei o seu canal! Me ajudou demais, não pare nunca com esse conteúdo útil e perfeito!!! ♥

@JokerTFl 3 года назад

Parabéns pelo empenho. Muitíssimo útil e esclarecedor.

@GustavoMendes-r2f 6 месяцев назад

Excelente conteúdo! Muito prático!

@joaopauloferreirarodrigues5576 Год назад

Muito obrigado!

@henverbrunetta6387 4 года назад

hahaha já gostei só pelo nome da aula!!!!

@tatianedotti1550 2 года назад

Conteúdo incrível e uma didática maravilhosa. Obrigada por compartilhar

@ecrespim 3 года назад

Parabéns pela excelente aula!

@SergioMiranda001 3 года назад

Parabéns que grande trabalho e riqueza de detalhes.

@orobsonlourenco 3 года назад

Muito bom. Muito obrigado!

@isadoramarcelo9911 4 года назад

Parabéns ótima aula!! Muito bem explicado !!

@carlamarassatto9631 3 года назад

Aula muito boa, conteúdo espetacular! Parabéns e obrigada por compartilhar seu conhecimento!

@alexandracarvalho8087 2 года назад

Excelente aula. Parabéns!!!

@JamileTaniele 4 года назад

Parabéns! Aprendi muito! Obrigada!

@UniversodaBioMol 4 года назад

Que bom!! Fico feliz

@MonaraKaelle 4 года назад

Muito boa essa aula, amei!

@carloseduardofonsecagomes7089 4 года назад

Pow show de bola, aprendi muito

@UniversodaBioMol 4 года назад

Valeu meu amigo! Fico feliz em ajudar

@carloseduardofonsecagomes7089 4 года назад

@@UniversodaBioMol aprendi mais que na aula da pós, valeu mesmo, mais uma vez parabéns pelo conteúdo! 🔝🔝🔝🔝

@beatrizalbuquerque7695 4 года назад

Ótima aula!!

@daisysotero6619 4 года назад

Muito bom! Parabéns!!!!

@UniversodaBioMol 4 года назад

Obrigado 😉

@rogerrodriguez3167 6 месяцев назад

Aula maravilhosa! Gostaria de saber se essa metodologia serve também para Primers degenerados (para diagnóstico de Polimorfismos). No caso não for, seria possível fazer uma aula sobre? Agradeço.

@rafaelasoares5740 3 года назад

Aula maravilhosa! Me ajudou muito, obrigada!

@mariaisabelmuller3290 3 года назад

Aula muito boa!!!!

@isabellafernandes1371 3 года назад

Obrigada por essa aula maravilhosa!!!!!

@camilafigueiredopinzan4598 4 года назад

Arrasou!!!!!⚘💕

@julianadeantonio2784 4 года назад

Que aula espetacular!! Muito obrigada.

@tarcisiom.franca3996 4 года назад

Cara, muuuuito obrigado pela aula!!!! Simplesmente show de bola!!!! Já me inscrevi e quero acompanhar novos conteúdos...e tirar umas dúvidas, é claro..rs. Vlw!?

@UniversodaBioMol 4 года назад

Seja bem-vindo!

@mariaursini 3 года назад

Muuuuito obrigada!!

@silviagonzalezmonteiro 4 года назад

Baita aula!

@talitarizo4108 4 года назад

Olá, gostaria de saber o que são genes endógenos

@analuizalein4162 3 года назад

Excelente aula, professor! Teria como desenhar primers loop para LAMP?

@f3156 2 года назад

Obrigada pela aula, professor !! Uma duvida: existe casos onde a temperatura de anelamento é maior do que a temperatura de melting?

@UniversodaBioMol 2 года назад

Não. A Ta é sempre uns 4-5 abaixo da Tm.

@brunaibiapina 3 года назад

Parabéns pela aula, conteúdo muito bom e prático!!!! 👏👏👏 Queria tirar uma dúvida a respeito do cation monovalente! O mastermix (firepol, solis biodyne) que uso tem (nh4)2so4 no lugar de KCl.. a concentração final dele é 20, posso substituir então o "50" do padrão para 20? Ou utilizo algum outro parâmetro quando o buffer tem sulfato de amonia? Obrigada!

@robertaoliveira774 11 месяцев назад

Ótima aula, mas fiquei com uma grande dúvida. No meu aparece alguns parâmetros que não aparece no seu exemplo, como "primer bound" "Concentração de DMSO" e etc. Fiz algo errado, ou como poderia colocar?

@renatocorreavianacasarin9519 4 года назад

Ótima aula! Parabéns! Vc sabe alguma forma de avaliar especificidade dos primers degenerados? Existe algum limite de numero de bases degeneradas dentro de um primer?

@UniversodaBioMol 4 года назад

Renato, não tenho muita experiência com primers degenerados. Dá uma olhada nos comentários aqui abaixo que teve uma conversa sobre isso. Veja se ajuda.

@karlamoretto9731 3 года назад

Incrível! Aula perfeita. Tenho uma pergunta: o desenho de primers para PCR digital pode ser realizado dessa mesma maneira?

@UniversodaBioMol 3 года назад

Primers de dPCR são bem parecidos (se não idênticos) aos primers de qPCR 😉

@karlamoretto9731 3 года назад

@@UniversodaBioMol bem que poderia ter uma aula de desenho de primers para qPCR e sondas TaqMan 😍

@hugocorrea7042 4 года назад

Material de alta qualidade. Parabéns!.. Se me permite tirar um dúvida.. Em um estudo de expressão gênica, o que devo levar em consideração para escolher em utilizar um alvo com ID no NCBI NM ou XM?

@UniversodaBioMol 4 года назад

NM porque geralmente as sequências são curadas. Mas não deixe de usar o Ensembl também. Lá é até melhor para buscar as junções exon-exon de seus alvos.

@vitoriacarvalho9501 3 года назад

sobre os parÂmetros para o desenho de primer, o item B, a quantidade ideal de G, C deve estar entre 40 e 60%. Baseado nisso, posso aplicar essa idéia da porcentagem para a curva de melting também, principalmente para selecionar um SNP e genotipar por HRM?

@camilamanoel5642 4 года назад

Sensacional a aula. Teria uma de desenhar primers para qPCR?

@UniversodaBioMol 4 года назад

Obrigado. Semana que vem eu vou abrir vagas para um evento gratuito: Intensivão da Análise da Expressão Gênica por RT-qPCR. Nesse evento vai ter aulas sobre desenho de primers e sondas para qPCR. Se vc já estiver inscrita lá no site do Universo da Biomol vai receber o convite por email.

@izabeladalbo5389 4 года назад

@@UniversodaBioMol para o RT-qPCR não muda os programas né? São os mesmo que usou nesse vídeo?

@felipejules4554 3 года назад

Aula muito bom, já sou inscrito, gostaria de saber se o senhor oferece cursos na área?

@NoemyPereira-yn8yw Год назад

Ola, td bem? gostaria de saber se vc conhece algum tutorial ou artigo que mostre como fazer primers convergente e divergente?

@Denis-ss1mt Год назад

Que máquina é essa 20:50 que a empresa usa para montar os primers em ordens específicas?

@viniciuscristian70 Год назад

olá. se eu ja tenho o primer, como fazer para avaliar a estabilidade dele, Tm e Ta?

@agroyasmim 4 года назад

Ótima aula, muito informativa! Você recomenda algum site, programa ou material para desenho de primers degenerados?

@UniversodaBioMol 4 года назад

Valeu!! Dá uma olhada na conversa abaixo dessa com a Júlia.

@agroyasmim 4 года назад

Depois que eu perguntei eu achei! Muito obrigada, depois eu aviso se consegui.

@pamelacorrea2587 3 года назад

No caso do meu material ser de um transcriptoma, tem bases de DNA, eu faço a prospecção dos microssatélites e dos primers como se fosse para DNA ou para RNA?

@denisebatistanogueira6661 2 года назад

Existe diferença entre Tm do primer e do fragmento em si?

@brunagodoy5123 3 года назад

Prof, me surgiu uma dúvida! O left primer não deveria ser uma sequência complementar a fita molde? Por que no primer3plus o left primer é igual a sequência molde??

@otavio.a.8.r 2 года назад

Alguém sabe como faço para visualizar TB, HP 3'STAB E penalty em 2022? Parece que o site alterou o templete e não existe mais a opção de analise geral. Esses parâmetros não aparecem quando faço a analise. Estou analisando na opção Detection.

@paulavieira8129 3 года назад

Como confirmar um primer já desenhado visto em um artigo científico? para ver se de fato é do gene de interesse msm.

@camilacouto4394 3 года назад

Eduardo me tira uma duvida, Eu to desenhando um primer para um tipo de virus , E para todos os 5 par de primers o meu Any e o End deram alterados consequentemente meu HP tambem deu . Como eu corrijo isso?

@flaviogalvaoribeiro5373 4 года назад

Geralmente quando vamos fazer o sequenciamento de algum gene, temos que desenhar os primers de cada exon do gene, como faz esse tipo de desenho?

@UniversodaBioMol 4 года назад

Flavio, vc acredita que eu esqueci de falar sobre isso na aula? Vou gravar um vídeo rápido daqui a pouco explicando como fazer.

@flaviogalvaoribeiro5373 4 года назад

Tudo bem :), estou gostando muito do canal, estou terminando minha pós em Genética Molecular na FMUSP e vou ingressar em um mestrado em seguida, continue disseminando conhecimento.

@UniversodaBioMol 4 года назад

@@flaviogalvaoribeiro5373 Se eu atender mais um desejo seu, pode me chamar de gênio da lâmpada. Tá na mão: ru-vid.com/video/%D0%B2%D0%B8%D0%B4%D0%B5%D0%BE-CP0eG49pMNA.html

@driribeiro6390 4 года назад

Não é bom ter um HP alto então ne? Voce tem valores padroespara fazer uma comparação?

@UniversodaBioMol 4 года назад

Para HP é melhor manter valores acima de -2 kcal/mol na extremidade 3' e acima de -3 kcal/ mol no interior do óligo

@tatianefreitas5828 Год назад

Pode disponibilizar este slide?

@driribeiro6390 4 года назад

Esse metodo tambme funciona para fazer primer para rtPCR?

@UniversodaBioMol 4 года назад

Oi. Tem algumas diferenças importantes. Tem a aula para RNA tb....dá uma olhada aí na playlist que eu mostro algumas dessas diferenças

@driribeiro6390 4 года назад

Entao eu estou fazendo errado? Estou fazendo esse modo para rtPCR e consegui concluir.. mas entao nao é certo? Deixei no default

@UniversodaBioMol 4 года назад

@@driribeiro6390 troca para a função qPCR no primer 3. Essa função já muito bem configurada para análise de expressão gênica

@distribuicaorepresentargra7606 4 года назад

ola tenho uma duvida pois ainda não fiz minhas aulas praticas !!!!porem não encontrei em nenhum video resposta como é feita a escolha do alvo em que quero estudar da molecula isso ainda não esta claro na minha mente me perdoe se fiz pergunta boba porem voltando a estudar a pouco tempo se alguem puder ajudar !!!!

@UniversodaBioMol 4 года назад

Opa. Tudo bem? Se analisa DNA quando o objetivo é estudar a estrutura do genoma. Se estuda RNA quando o objetivo é saber como, quando e quanto o genoma é expresso.

@UniversodaBioMol 4 года назад

Essa aula pode te ajudar. As outras aulas dessa playlist tb. ru-vid.com/video/%D0%B2%D0%B8%D0%B4%D0%B5%D0%BE-6XoR79HN5xw.html

@distribuicaorepresentargra7606 4 года назад

Poxa obrigada por responder vou dar uma olhada no amanhã pois agora já fritei a mente por hoje estou cursando biomedicina!!!