Eu dei uma pesquisada e achei o Tocantins-araguaia Hidrovia Araguaia-Tocantins: Durante as cheias do rio Tocantins, o trecho navegável atinge 1.900km e no rio Araguaia atinge 1.100km.
Maior bacia do Brasil = Bacia Amazônica, rio de planície, logo, ela tem o maior POTENCIAL de navegação. Porém, não sei se ela é a mais navegável, mas o maior potencial sem dúvida é dela.
