Cuando exportas en formato GEOTIFF puedes señalar en las opciones de exportación "Make background pixels transparent" para que no veas el color de fondo cuando lo insertes en el modelo. Si ya tuvieras imágenes TIFF o JPG que tengan un color de fondo, simplemente lo abres en global mapper y luego seleccionas la capa, boton derecho, eliges "Raster options", luego en la pestaña "display" seleccionas un color transparente directamente de la imágen, y el mismo no se verá.
