Identificación de hongos usando secuencias ITS

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Las "Internal Transcribed Spacer" son las secuencias consideradas códigos de barras genéticas de hongos. Aquí te explicamos por qué y damos ejemplos.
Comparto el link del video de secuenciación Sanger:
• Secuenciación capilar ...
Link importante: blast.ncbi.nlm...
Las fotos de agaricales no son mías, las tomé de los siguientes sitios:
www.mykoweb.com/
mushroomobserv...
www.mushroomex...

Наука

Опубликовано:

5 окт 2024

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Комментарии : 22

@rosavillanueva2901 3 года назад

Sería excelente un vídeo de PCR para la identificación de hongos

@lisvazquez6648 2 года назад

muchas gracias por tu video, me sirvió de mucho para comprender la teoría

@ElBorreguitolenador 3 года назад

Soy nuevo en tu canal, estaría excelente si hablaras algo sobre microsatélites

@topicosnucleicos4499 3 года назад

Consideraré algo de microsatélites, aunque no sea algo que domine. Gracias

@yuricalle2722 3 года назад

My Interesante la caracterizacion utilizando Sanger y luego NBCI

@ElBorreguitolenador 3 года назад

Buen material, seria interesante un video sobre Metagenómica. Una amiga trabajo con hongos saprobios para lograr identificar una spp. de Coccidioides, que naturalmente fue imposible, sin embargo, un Dr. le recomendó hacer Metagenómica para aprovechar los aislados de hongos que ya tenia, la verdad me pareció interesante. Saludos.

@topicosnucleicos4499 3 года назад

Hola, gracias por tu comentario. Aunque "metagenómica" es un tema interesante, creo que el caso de tu amiga se refiere mas bien a "genómica" (secuenciar el genoma completo del Coccidioides) y hacer una megafilogenia o un filogenia con 6 o 7 genes que se recomienden para ese género. Algo parecido viene en este artículo: journals.asm.org/doi/pdf/10.1128/MRA.00044-21

@jhennyfercruzmendez5650 2 года назад

Muy buena explicación, muchas gracias. De acuerdo a su experiencia identificando especies de hongos, que tiempo le tomo aproximadamente desde el aislamiento hasta la identificación molecular ?

@topicosnucleicos4499 2 года назад

Hola, gracias por tu comentario. En un solo día puedes aislar el DNA del hongo, hacer las reacciones de PCR y electroforesis. La secuenciación puede tardar más porque se realiza en otra ciudad, pero una vez teniendo los electroferogramas podemos identificar invirtiendo un par de horas. 👋Quedo atento por si tienes mas dudas

@rubiyeverino6415 2 года назад

Grande!

@benjaminnimajneb-r1l 7 месяцев назад

Buen dia. soy nuevo en el tema. estoy tratando de apender sobre este tema del ITS.. gracias a tu video el proceso va en marcha------ ahpora me sale una duda, en algunos docuemntos o docuemtnos me sale el ITS 4... en que pocicion del operon se encuentra si solo se ha mencionado el its 1 y el 2 gracias te lo agradesco

@topicosnucleicos4499 7 месяцев назад

Hola. "ITS4" es el nombre de uno de los primers que se utilizan en la reacción de PCR. Ese primer se "pega" en LSU, es decir está cerca de la región ITS2. En el siguiente link viene un diagrama que ilustra esto que te digo y mucho más: www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1156903/

@miguelangelalmanzamorales2200 3 года назад

Buenas noches. Cuáles fueron sus referencias? Soy estudiante de Licenciatura y me gustaría indagar más en el tema. Saludos!

@topicosnucleicos4499 3 года назад

Hola. El contendio está basado en la experiencia propia y no me fijé en incluir referencias, pero si quieres saber del por qué el ITS es útil, recomiendo este: www.pnas.org/content/109/16/6241/

@miguelmaturrano2402 3 года назад

Por fa has mas videps como este

@topicosnucleicos4499 3 года назад

Hola, puedes proponer un tema concreto y con gusto hacemos un video.

@miguelmaturrano2402 3 года назад

Si por fa nos puedes explicar cuando se analiza otras regiones como el cox, b tubulina

@topicosnucleicos4499 3 года назад

@@miguelmaturrano2402 Buena idea! Mi investigación es en hongos, es por eso que hago estos videos, pero veré si puedo hacer un video complementario. Gracias por tu atención

@rubeneduardohuamanlucana8148 3 года назад

Buenas, soy bachiller en Ciencias Agrarias y deseo identificar específicamente con marcadores moleculares, cepas nativas de Trichoderma. ¿Podría ayudarme con ese trabajo?. Soy de Perú. Muchas gracias.

@topicosnucleicos4499 3 года назад

Hola, sugeriría empezar secuenciando la región ITS que explicamos en el video. PAra el género Trichoderma se recomienda que además del ITS se obtenga la secuencia del gen TEF1-alfa (eEF1a1). La explicación viene aquí: journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0160613

@rubeneduardohuamanlucana8148 3 года назад

@@topicosnucleicos4499 Muchas gracias. ¿Podría enviarle unas muestras, para que Ud pueda analizarlas molecularmente? Aquí, en mi país es difícil encontrar laboratorios que hagan ese trabajo. Muy agradecido por su atención. Saludos.

@topicosnucleicos4499 3 года назад

@@rubeneduardohuamanlucana8148 Hola, es desafortunadamente imposible, ya que por la pandemia todo lo biológico no pasa por aduanas,