Importar y exportar archivos  

Una BD GeoPackage en QGIS, es un sistema para almacenar todo tipo de recursos espaciales como; geometrías, tablas y otros.
Para importarla archivos ya sea SHP u otros tienes dos modos, como vemos en este video.
Atreves de BD MANAGER o GUARDARLO COMO, recuerda el FID puede ser el primer error al importar cualquier archivo, recuerdo lo puedes eliminar y posteriormente se crea automáticamente al momento de importarlo.