Titre complet: Le metabarcoding de l'ADNe des sols, un outil pour suivre la biodiversité fongique ? Evaluation critique des protocoles et des indicateurs appliqués aux cas de réserves forestières
Par Léonie Gratacap (stagiaire Dynafor, master 2 BEE « Écosystèmes et Anthropisation » à l'Université Paul Sabatier de Toulouse). Ce stage s'est réalisé dans le cadre des activités du réseau mycologie de l’Office National des Forêts (ONF), grâce à l’implication de le Direction Forêts et Risques Naturels (DFRN) et à un financement du Ministère de la transition écologique et de la cohésion des territoires, dans le cadre des missions MIGbio.
Les champignons, en particulier les ectomycorhiziens et les saprotrophes lignicoles, jouent un rôle majeur dans les écosystèmes forestiers, ils peuvent servir de bio-indicateurs utiles aux gestionnaires et conservateurs. Malgré les avancées dans nos connaissances taxonomiques, les méthodes actuelles de suivi de diversité fongique présentent des limites face aux enjeux actuels de conservation des forêts et des champignons. La démocratisation de l’utilisation du metabarcoding de l'ADN environnemental (ADNe) pour caractériser la diversité des sols forestiers laisse envisager un usage dans un contexte de suivi, complémentaire des inventaires macroscopiques. Cependant, des limites persistent, liées au metabarcoding, peu d’études ont exploré la détectabilité des taxons bioindicateurs notamment patrimoniaux, dont les saprotrophes lignicoles. Ce projet vise à tester un protocole expérimental dans la réserve intégrale de la Brèze (Lozère), construit avec l’ONF, afin d’étudier l’effet de la stratégie d’échantillonnage sur la détection des communautés de champignons - notamment lignicoles - à partir du metabarcoding de l’ADNe du sol.
2 окт 2024
