Mikrotik и Cisco | Два варианта настройки агрегации каналов EtherChannel в Trunk с MSTP 

В первом случае вроде как правильнее, так как работал свитч аппаратно разгружая проц. Во втором случае тегами и пересылкой пакетов занимался проц. Скорее всего потолком скорости будет около 300мбит, начнуться потери пакетов из за нагрузки 100% на проце. Микротик штука интересная и довольно гибкая, но при покупке нужно четко понимать как оно будет использоваться. Не смотря на то что свитчи имеют дуалбут с ros на борту, советую не злоупотреблять настройками которые не относятся к свитченгу и то что аппаратно не потдерживается.Ros более гибкая чем swos, но в ros проще натыкать крайне неоптимальный конфиг Плюс великий соблазн накрутить фаервол... Если нужны vlan,bonding и производительность,читайте спецификацию свитч чипа и старайтесь избегать всякого рода роутинга на железке которая для этого не заточена. На свитчах крайне слабое железо для всяких L3 плюшек.

Ну про mstp тема не расскрыта, конечно.