A sincronização entre B3 e corretora pode levar até 48h. Emite um extrato na B3 e verifica as movimentações. Outro ponto, analisa se você não teve nenhuma ação alugada.
Neste caso, você usa o FGC (Fundo Garantidor de Crédito). O FGC garante até R$ 250 mil por CPF ou CNPJ. Tenho um vídeo explicando com mais detalhes sobre o FGC.
Você tem alugado as suas ações? Provável que essas ações foram alugadas. Elas não sumiram! Na dúvida, emite um extrato na B3 para entender o que houve.