Te hago una consulta, los valores A1, A2, phi1 y phi2 son exactamente los valores de la amplitud maxima y velocidad inicial de cada cuerpo respectivamente?
no exactamente, para cada caso tenés que resolver las EDO con las condiciones iniciales de tu problema, (creo debería haber incluido un ejemplo de esa resolución antes de pasar a la animación) phi1 y phi2 dan un desfase inicial, solo en el caso que sean iguales a 0 coiciden con la velocidad inicial A1 y A2 están multiplicadas por los autovectores, pensá que estos podrían ser algo como [0.5 , -0.5] y (teniendo veolodidad inicial nula) nunca llegarías a una amplitud de A1 dicho esto, en el ejemplo, con velocidades iniciales nulas, y autovectores [1,-1] [1, 1], efectivamente termina pasando lo que mencionas en tu comentario, pero no siempre será así
