Muchas gracias por la explicación! pero tengo una pregunta, si el ladder no corre bien y el gel queda manchado, que se podría hacer para que el ladder corra bien y el gel cuando se tiña no se manche? :c
Muchas gracias por la explicación! Me gustaría saber ¿de qué forma puedo calcular el tamaño de la proteina? se que con el marcador es una guia, pero como sé el tamaño?
Hola! Supongo que te refieres al peso molecular de la proteína. Típicamente se hace con un SDS-PAGE como se muestra en el video, lo que suele hacerse es primero realizar un gel con la proteína de interés y un marcador de peso molecular que abarque un amplio espectro de tamaños, de forma que aproximes el tamaño de tu proteína de interés. Ya que tenemos un tamaño aproximado (vamos a decir que anda alrededor de 60 kDa), entonces usamos un marcador que tenga un rango más estrecho de tamaños (por decir un ejemplo, entre 30 y 80 kDa), y corremos un nuevo gel un poco más concentrado y por más tiempo, para que se separen mejor las bandas del marcador y así mejoremos la aproximación. Por supuesto, hay técnicas mucho más específicas, por ejemplo, una espectrometría de masas determina directamente la secuencia de la proteína, y ahí simplemente conociendo la composición de aminoácidos puedes obtener el peso molecular exacto de la misma. También puede usarse ultracentrifugación analítica. A pesar de que son más exactos, no suelen hacerse este tipo de protocolos de forma rutinaria porque requieren equipo más costoso y consumen más tiempo. La electroforesis es el procedimiento más usado.
Hola! La clave es que lo distinto es su peso molecular aparente. Porque verás, lo que hacemos con el gel es correlacionar el tamaño de la proteína desnaturalizada con su peso molecular. Pero si la proteína está plegada, está más "compacta" y puede pasar más fácil los poros de la red de poliacrilamida porque tiene un tamaño menor al que tendría si estuviera desplegada totalmente. Por eso no es que tenga un peso distinto, el peso "aparente" es el distinto.
Hola! Te refieres a su estructura tridimensional? Para eso se necesita hacer un análisis cristalográfico con rayos x. La técnica se basa en generar cristales de la proteína con su estructura lo más intacta posible, utilizando solventes para precipitarla. Luego esos cristales se usan para dispersar rayos x, y el patrón de dispersión se analiza para determinar la estructura de la proteína.
