Нагорные пастбища Илийской долины издавна привлекали кочевые народы. Название «Кульджа» впервые появляется ещё в эпоху Тюркского каганата.
Когда уйгурские племена во главе с Пен Текином ушли на запад, с ними ушла и часть племени Яглакар, входившего в уйгурский племенной союз.
Чагатай, сын Чингисхана, разместил здесь столицу своих владений. Под власть Пекина эти земли перешли в середине XVIII века по итогам третьей ойратско-маньчжурской войны. Долгое время Кульджа являлась фактической административной и военной столицей Цинского Синьцзяна (дословно «Новых рубежей»).
C распространением российского влияния в Семиречье в середине XIX века Кульджа становится важным центром торговли между Россией и Китаем. В 1851 году здесь был подписан Кульджинский договор, узаконивший торговлю между подданными двух империй в этом регионе.
Город подвергся значительному разрушению в 1864-66 годах во время уйгуро-дунганского восстания. Кульджа, и весь Илийский край был занят российскими войсками в 1871 году; возвращён Китаю в 1881 году, после чего многие илийские уйгуры (около 45 тысяч человек) и дунгане (около 4,6 тысяч) переселились в российские владения (нынешний юго-восточный Казахстан и северная Киргизия).
В 1884 году цинское правительство создало провинцию Синьцзян, территория вокруг Кульджи стала уездом Нинъюань (宁远县). После Синьхайской революции в 1913 году уезд Нинъюань был переименован в уезд Инин (伊宁县). В 1944 году после Илийского восстания Кульджа стала столицей Восточно-Туркестанской революционной республики.
В 1952 году из пяти районов уезда Инин был создан городской уезд Инин (город Кульджа). В 1954 году был образован Или-Казахский автономный округ, и Инин стал его столицей.
В 1997 году в Кульдже произошли волнения уйгурского населения.
18 янв 2023