Antibiotiká sa používajú aj pri závažných vírusových infekciách, čo zápal pľúc určite je. Nie proti vírusom, ale vyčerpaná imunita nedokáže odolávať bežným baktériám a tak sa k tým vírusom často pridajú aj baktérie. Volá sa to oportunistická infekcia, dochádza k tomu napríklad aj pri AIDS. Vtedy sú dokonca aj plesňové infekcie.