Обычный исполняемый .bat для запуска Java-приложения. Насчет "Подорожника": не только в Питере такая ситуация, судя по материалам в Хабре. Вообще, только "Стрелка" качественно выделяется - онлайн пополнение, баланс хранится на удаленном сервере, а не на карте. Конечно, ее бы тоже, в идеале, протестировать на прочность.
Pen & Def, кстати, копался в подорожнике, они там в 0 секторе оставили стандартные ключи и все остальные кроме 4 и 5, тоже стандартные ключи, ломай кто хочешь