Сайт Института биоинформатики bioinf.me/ История и развитие технологий секвенирования от Сэнгера до наших дней. Pro et contra различных методов, характер данных и применение.
Я так и не понял метод Сэнгера. Сколько видео не смотрел, все время есть вопросы. Тем более, что моё образование далеко от микробиологии. Ну вот порезали мы ДНК на кусочки, это понятно. Добавили праймер для затравки тоже понятно. Добавили подставной нуклеотид определенной буквы, это тоже понятно. Непонятно как все таки мы прочитали последовательность нуклеотидов этого кусочка ДНК. И как мы впоследствии совместили эти кусочки. Если я порежу книгу на полоски, как я узнаю какая полоска за какой следует.
Привет! Если бы я это рассказывал сейчас, я бы, наверное, рассказал по-другому. Для начала давайте возьмем один кусок ДНК, который мы читаем. Для простоты представим, что он очень короткий -- TTGA. Суем его по колбам, к нему комплементарно приклеиваются много обычных А (которые есть везде) и рано или поздно хотя бы один ddA. Получившияся цепи ddA больше не участвуют в дальнейших синтезах (держим их "в уме"), а цепи A идут дальше. На следующем этапе к "рабочим" цепям A присоединяются еще по А (комплементарных к второму Т) и рано или поздно ddA. Цепи АА идут дальше, цепи А-ddA останавливаются (добавляем A-ddA в память). На следующем этапе к рабочим цепям добавляются обычные С (комплементарные к третьей позиции, G), и иногда dC. Цепи AAC идут дальше, цепь AA-ddC застряла (добавляем в память). Наконец, к цепи AAC добавляется Т (комплементарный четвертой позиции, А) и иногда ddT. Остается рабочая цепь ААСТ (уже не важно) и цепь AAC-ddT. В конечном итоге "в уме" имеем ddA, A-ddA, AA-ddC, AAC-ddT. Длину этих цепей получаем по электрофорезу, а последний нуклеотид по цвету. В итоге выходит: длиной один == А, длиной два == А, длиной три == С, длиной четыре == Т. То есть AACT (комплементарная TTGA). Voila. Таким же образом можно прочитать другие куски по одному. Это решение одной проблемы (прочтения). Проблема сборки принципиально другая и основывается на поиске перекрытий: например, кусок TTGA перекрывается тремя из четырех букв с куском TGAT, их можно соединить в TTGAT. Конечно, в реальности куски длиннее, перекрытия более длинные, и вероятность ошибочно соединить куски ниже.
@@ExplicableCashew спасибо, теперь у меня всё сошлось в уме. А то совсем некому было пояснить. Нет в моем маленьком городке специалистов по молекулярной биологии.
@@ExplicableCashew а можно еще один вопрос. В самом начале процесса, когда ДНК нагревают и делят её вдоль спирали. Как то отсортировывают эти половинки? И как это делают. А если не делают, то некоторые кусочки опять могут комплиментарно соединиться? Или я чего то не догоняю?
