у меня была ещё очень давно похожая теория, но я себе представлял что события ботаникулы произошли после машинариума, из-за чего все и заросло. Но эта теория тоже крутая)
Я вообще думал, что машинариум, это первая игра, так там пустыня и не живые роботы. Скорее всего остатки человеческой цивилизации, после ядерной катострофы, возможно некоторые люди смогли перенести свое сознание в роботов. Поэтому их роботов так мало в городе. Далее идёт ботаникула. В неком дереве, возможно где-то в пустыне машинариума. Герои этого дерева побеждают какую-то угрозу, которая могла препятствовать их росту. Тем самым они обеспечили расростанание растений. И вот уже идут три саморотса. Мир, где уже есть растительоность и живые, биологические существа. Саморост это новая веха жизни, вместо людей на земле. Поэтому он пользуется обломками цивилизации людей, а потом и роботов. Все пришельци, которые были на других планетах, это вообще другие формы жизни, пришельци. Таково моё мнение.