Чистая полностью. Выбор настроек в начале тоже виден. Я моды и не ставил на нее, кроме одного, который заинтересовал за счет перка, выкладывал видео с ним, но там только одна наемница прилагается к моду ) Это стимовкая версия, со всеми обновлениями (типа метро), но без сторонних модификаций.
Если вопрос был в принципе, самостоятельная ли это игра, то да, это год назад вышедшая новая отдельная игрушка, зацепившая часть наемников из JA2 (самого начала нулевых), и действие игры происходит в то же время (2001+ год).