JCTC封面文章解读：Uni-Dock - GPU加速的分子对接引擎 --蔡淳 (深势科技高性能计算负责人)  

2023年6月13日，深势科技于Journal of Chemical Theory and Computation上发表的封面文章Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening中，发布了GPU极致加速的分子对接引擎Uni-Dock，可以同时支持vina、vinardo和ad4打分函数。相比单CPU核心，Uni-Dock基于GPU的并行计算能力实现了多构象并行搜索和多配体并行分子对接，获得了超1000倍的加速。此外，研发团队使用Uni-Dock在100张NVIDIA V100显卡的计算集群上仅花费11.3小时即完成3820万小分子的多级虚拟筛选，平均速度超过3.7万次分子对接/卡时。这项工作显著降低了超大规模分子库的虚拟筛选所需要的时间和经济成本，为新药研发早期阶段中高效探索更大化学空间提供了可靠能力，将超千万规模分子数据库的虚拟筛选工作带入了可及、可用、可靠的实用时代。