Да, рекомендуется после замены прокачать систему и при необходимости заменить тормозную жидкость. Жидкость из под крышки это излишки, так как поршни на суппортах были вдавлены обратно. Всегда при вдавливании рекомендуется контролировать уровень жидкости что бы не допускать подобное и по необходимости откачать с бачка лишнюю жидкость.